Kontraktowanie usług w lecznictwie szpitalnym i specjalistycznym jest mało przejrzyste, a procedury stosowane przez NFZ nie zawsze zapewniają wybór najlepszych świadczeniodawców – to jeden z wniosków, który nasuwa się pracownikom NIK-u po wynikach kontroli dotyczącej kontraktowania świadczeń opieki zdrowotnej w latach 2010-2013. Z raportu NIK-u można wywnioskować również, że NFZ nie zawsze we właściwy sposób gospodaruje publicznymi pieniędzmi.
Podczas kontroli stwierdzono uchybienia analizując poszczególne etapy kontraktowania - rankingowania i negocjacji. Jest to spowodowane tym, że pracownicy NFZ-u muszą samodzielnie, „ręcznie” analizować setki, a nawet tysiące różnych ofert. W tej sytuacji nie ma możliwości dokładnie przyjrzeć się ofertom, co może prowadzić do tzw. kłamstwa ofertowego. Rozwiązaniem tego problemu mógłby okazać się odpowiedni system informatyczny, jednak na razie nie ma możliwości wprowadzenia takiego oprogramowania. Pracownicy NIK-u uważają, że z powodu złego rozplanowania procesu kontraktowania większość skontrolowanych oddziałów NFZ podpisuje umowy w ostatniej chwili. Świadczeniodawcom daje się na negocjacje ws. podpisania lub odrzucenia ofert - kilka lub kilkanaście minut. W konsekwencji nie ma mowy o negocjacjach – raczej są to działania pod dyktando płatnika – uważają kontrolerzy NIK-u. W dokumencie NIK-u czytamy również: „Kontrole przeprowadzone w Centrali NFZ i w Ministerstwie Zdrowia wykazały, że pomimo aktywnego uczestnictwa Funduszu w procesie legislacyjnym zmierzającym do opracowania ww. rozporządzeń, współpraca między instytucjami nie przebiegała efektywnie”. Chodzi o prace prowadzone w Ministerstwie Zdrowia nad rozporządzeniami koszykowymi. Według kontrolerów, nie były one właściwie skorelowane z założonym przez Centralę NFZ harmonogramem. Jednak pomimo negatywnych ocen kontraktowania, pracownicy NIK-u informują, że od 2012 roku w NFZ pracuje zespół do spraw wycen. Opracował on jednolitą metodologię wyceny. Usprawnieniu zostało poddane również pozyskiwanie od świadczeniodawców niezbędnych danych. Pomimo jasnego stanowiska NIK-u w kwestii potrzeby przeprowadzenia poważnych reform kontraktowania, ogólna ocena działalności skontrolowanych oddziałów wojewódzkich i Centrali Funduszu była pozytywna.
